1882年6月，馬寅初出生在浙江紹興一個以釀酒為業的小作坊主家庭。他出生後不久，父親為尋求更好的釀酒水質，將全家移居地處黃澤江和剡江匯合處的嵊縣浦口鎮。
前店後坊的馬家，生意越做越紅火。父親見五個兒子中，排行老五的寅初最為聰明伶俐，有心讓他繼承父業，想先讓他學會酒店管賬、再承家業。因此，父親只讓馬寅初讀私塾，無意讓他繼續求學。馬寅初不喜歡私塾的四書五經，嚮往城裡的新學堂，他見父親強讓他學酒店管賬，非常不滿。常常以怠學、怠工以示反抗，為此，多次遭到父親打罵。
父親的蠻橫，深深傷害了馬寅初，他見求學無望，一氣之下跑到鎮外，一頭扎進了黃澤江，幸虧被人救起。
恰在此時，父親的老友張江聲由滬來嵊縣探親訪友。得知此事，覺得馬家老五有志氣，說服了馬寅初的父親，由他帶馬寅初到上海讀書。從此竟改變了馬寅初的一生。
不反對舊式婚姻
1898年，不到17歲的馬寅初在張江聲的安排下進了上海教會學校育美書館讀中學。1901年，馬寅初回家鄉度假。父母作主，讓他與家鄉一位叫張團妹的姑娘結婚。這一次，馬寅初沒有像求學那樣以死抗爭，他順從父母之命，完了婚。
張團妹雖目不識丁，但生性忠厚、善良。她為自己能嫁給會讀書的丈夫而心滿意足。婚後，張團妹孝敬公婆，善待馬家兄妹，馬寅初見妻子賢惠體貼，頗覺滿意，小夫妻很是和諧。婚後一年，馬家雙喜臨門，張團妹生了個胖兒子，馬寅初以優異成績考上了天津北洋大學。
天津北洋大學是一所專門教授國外先進科學技術，培養中國高級工程人才的學校。學校要求非常嚴格，每年都有不少學生遭淘汰。馬寅初由於在中學期間打下了紮實的數學、英語基礎，在班上成績仍是遙遙領先。
1903年，馬寅初不滿週歲的兒子因意外傷害不幸夭折。他強忍悲痛、堅持學習。1904年，馬寅初的妻子又生一女，他景仰東漢史學家班超，故為女兒取名馬仰班。
兩個妻子與七個孩子
1907年，馬寅初以優異成績從北洋大學畢業，並被北洋政府保送至美國耶魯大學官費留學。出國留學前，馬寅初特意趕回家鄉與父母妻兒告別。
張團妹雖與丈夫兩地分居多年，但每年總有團聚的時候。想到丈夫就要遠涉重洋，不知何時再能相見，不禁暗暗抹淚。臨別前的夜晚，張團妹悄悄告訴馬寅初，自己又懷上了孩子。馬寅初很高興，囑咐妻子多多保重。妻子對他說：「孩子出生時，你又不在家，你給孩子取個名吧？」馬寅初略思片刻答道：「若生女孩，就叫馬仰曹，若生男孩就叫馬仰峰。」
馬寅初這次話別，一去竟是十年。第二年，張團妹生下一女孩，於是取名馬仰曹。
1914年，馬寅初獲得哥倫比亞大學經濟學博士學位和哲學博士學位。
1917年，馬寅初與嵊縣一位叫王仲貞的姑娘結婚。王仲貞生於1904年，比馬寅初小22歲，年少漂亮，有小學文化程度。此後，馬寅初將王仲貞、張團妹先後接到北平。從此，馬寅初的家裡就有兩個妻子。
馬寅初對兩位妻子都很好，他外出度假總是讓兩位妻子同往，在家閒暇時，也常是由兩位妻子陪他在庭院小路花叢中散步。張團妹和王仲貞之間也相處得非常融洽，彼此互相關心、體貼照顧，這在當時類似家庭中，實屬少見。張團妹與馬寅初後來又生了一個女兒，這樣他們婚後除了一個兒子夭折外，共有三個女兒。王仲貞和馬寅初婚後，生有兩個女兒、兩個兒子。馬寅初和他的兩位妻子共有五個女兒、兩個兒子，是擁有七個孩子的多子家庭。
由於歷史的原因，馬寅初這位中國著名的經濟學家、教育家和人口學家在婚姻家庭生活上，也不可避免地打上了封建時代的烙印。